ปัจจัยที่มีผลต่อการทำงานของเอนไซม์ ได้แก่
          1. อุณหภูมิ เอนไซม์แต่ละชนิดทำงานได้ดีที่อุณหภูมิต่างกัน แต่เอนไซม์ในร่างกายทำงานได้ดี ที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียส
          2.ความเป็นกรด - เบส เอนไซม์บางชนิดทำงานได้ดีเมื่อมีสภาพที่เป็นกรด เช่น เอนไซม์เพปซินในกระเพาะอาหาร เอนไซม์บางอย่างทำงานได้ดีในสภาพที่เป็นเบส เช่น เอนไซม์ในลำไส้เล็ก เป็นต้น
          3.ความเข้ม เอนไซม์ที่มีความเข้มข้นมากจะทำงานได้ดีกว่าเอนไซม์ที่มีความเข้มข้นน้อย

การทำงานของเอนไซม์ จำแนกได้ดังนี้
          1. เอนไซม์ในน้ำลาย ทำงานได้ดีในสภาวะเป็นเบสเล็กน้อยเป็นกลางหรือกรดเล็กน้อยจะขึ้นอยู่กับชนิดของ น้ำตาลและที่อุณหภูมิปกติของร่างกายประมาณ 37 องศาเซลเซียส
          2. เอนไซม์ในกระเพาะอาหาร ทำงานได้ดีในสภาวะเป็นกรดและที่อุณหภูมิปกติของร่างกาย
          3. เอนไซม์ในลำไส้เล็ก ทำงานได้ดีในสภาวะเป็นเบสและอุรภูมิปกติร่างกาย