ระบบทางเดินอาหาร(อังกฤษ : Gastrointestinal tract, GI tract, alimentary canal หรือ gut) อาจเรียกอีกอย่างว่า ระบบย่อยอาหาร (digestive tract) ระบบอวัยวะนี้ มีเฉพาะในสัตว์หลายเซลล์(multicellular animals) ที่ต้องกินอาหาร และย่อยอาหาร เพื่อรับสารอาหารและพลังงานและขับถ่ายของเสียออกไป 
ระบบทางเดินอาหารของสัตว์แบ่งได้ 2 แบบ คือ
1. ระบบทางเดินอาหารไม่สมบูรณ์ (incomplete digestive tract) ประกอบด้วยช่องเปิด เพียง 1 ช่อง คืออาหารเข้าทางปาก และกากอาหารออกทางเดียวกัน
2. ระบบทางเดินอาหารสมบูรณ์(complete digestive tract) ประกอบด้วยช่องเปิด2ช่อง ทําหน้าที่เป็นปากและทวารหนักตามลําดับ